农村合作医疗退款申请流程是
1、个人申请 农村居民携带户口簿、二代居民身份证原件和复印件到户籍所在地村(居)委会提出参加新农保申请，选择缴费档次，填写《新型农村社会养老保险参保登记表》(以下简称《参保登记表》)一式二份。
2、村协理员检查 村协理员负责检查《参保登记表》、《农村户籍老年人家庭社会关系表》是否填写完整，填写的姓名、二代身份证号码等信息是否准确，是否有个人签字或盖章、按手印，检查参保人员提供的相关材料是否齐全，检查无误后，在《参保登记表》上签字，加盖村委会公章，附上参保人员本人居民二代身份证和户口簿复印件等材料，然后上报乡镇劳动保障事务所。
3、乡镇初审 乡镇劳动保障事务所对村里上报的参保登记有关材料进行初审，审核无误后，经办人员在《参保登记表》上签字，加盖乡镇保障所公章，及时将参保人员的基本信息录入新农保信息系统，将《参保登记表》、二代居民身份证和户口簿复印件等材料上报县农保中心。
4、县农保中心复核 县农保中心收到乡镇上报的参保登记有关材料及时进行复核，无误后，对乡镇劳动保障事务所录入的参保人员基本信息进行确认，为参保人员建立个人账户;在《参保登记表》签字、盖章，将有关材料归档备案。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条 ：国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《中华人民共和国社会保险法》第二十五条 ：国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
